Τα παράπονα και οι ενστάσεις των φοιτητών γενικά απευθύνονται καταρχάς στο Τμήμα ΔΕΤ, μέσω του Συμβούλου – Καθηγητή, ο οποίος τις μεταφέρει στη Συνέλευση. Σε περίπτωση ένστασης φοιτητή για την επανειλημμένη αποτυχία του σε εξετάσεις (πάνω από τρεις φορές), ορίζεται επανεξέταση από τριμελή επιτροπή, όπως προβλέπει το αρ. 33 του Ν. 4009/2011. Εάν για οποιονδήποτε λόγο οι ενστάσεις δεν αντιμετωπιστούν σε αυτό το πλαίσιο, οι φοιτητές απευθύνονται στο Τμήμα Σπουδών του Πανεπιστημίου Πελοποννήσου που γνωμοδοτεί με βάση τις κείμενες διατάξεις και το ιστορικό της κάθε υπόθεσης προς το Τμήμα, σε ειδικές δε περιπτώσεις προς τη Σύγκλητο.
Οι φοιτητές και οι καθηγητές, τους οποίους αφορά μια ένσταση, ενημερώνονται αρμοδίως για την έκβασή της. Στο πλαίσιο αντιμετώπισης παραπόνων των φοιτητών είναι δυνατόν να ενεργοποιηθεί και ο Συνήγορος του Φοιτητή, όπου μπορούν να απευθύνονται οι φοιτητές για τη διευθέτηση θεμάτων με συμφοιτητές, διδάσκοντες, διοικητικό προσωπικό.